Er gründete Salzburg auf römischen Ruinen und bezahlte seine Mission mit Salz.
Als Bischof von Worms wurde er um 696 von Theodo, dem Herzog von Bayern, gerufen, der sein Land missioniert sehen wollte. Rupert fuhr die Donau von Regensburg nach Lorch hinab, taufte den Herzog und einen Teil des Hofes und suchte dann einen dauerhaften Stützpunkt. Er fand ihn in Iuvavum, einer halb verfallenen römischen Stadt an der Salzach, die ihm geschenkt wurde. Dort baute er die Peterskirche und das gleichnamige Kloster, setzte seine Schwester Erentrudis an die Spitze eines Frauenklosters auf dem Nonnberg — beide bestehen noch — und ließ die nahen Salzbergwerke wieder öffnen, deren Erträge die Mission finanzierten und der Stadt den Namen gaben: Salzburg, die Salzburg. Er starb um 718. Er ist Patron der Stadt und des Landes Salzburg.
Bischof mit einem Salzfässchen — einem späten, aber ihm eigen gewordenen Attribut — Stab und bisweilen einem Kirchenmodell.