Il fonda Salzbourg sur des ruines romaines et paya son évangélisation avec du sel.
Évêque de Worms, il fut appelé vers 696 par le duc de Bavière Théodon, qui souhaitait faire évangéliser ses terres. Rupert descendit le Danube de Ratisbonne à Lorch, baptisa le duc et une partie de sa cour, puis chercha un point d'appui durable. Il le trouva à Juvavum, ancienne ville romaine à demi ruinée sur la Salzach, dont on lui fit don. Il y bâtit l'église Saint-Pierre et le monastère du même nom, installa sa sœur Erentrude à la tête d'un couvent de femmes sur le Nonnberg — l'un et l'autre existent encore — et fit rouvrir les mines de sel voisines, dont les revenus financèrent la mission et donnèrent son nom à la ville : Salzbourg, la forteresse du sel. Il mourut vers 718. Il est le patron de la ville et du Land de Salzbourg.
Évêque tenant un tonnelet de sel — attribut tardif, mais devenu le sien — avec la crosse et parfois une maquette d’église.