Il fonda Salzbourg sur des ruines romaines et paya son évangélisation avec du sel.
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Évêque de Worms, il fut appelé vers 696 par le duc de Bavière Théodon, qui souhaitait faire évangéliser ses terres. Rupert descendit le Danube de Ratisbonne à Lorch, baptisa le duc et une partie de sa cour, puis chercha un point d'appui durable. Il le trouva à Juvavum, ancienne ville romaine à demi ruinée sur la Salzach, dont on lui fit don. Il y bâtit l'église Saint-Pierre et le monastère du même nom, installa sa nièce Erentrude à la tête d'un couvent de femmes sur le Nonnberg — l'un et l'autre existent encore — et fit rouvrir les mines de sel voisines, dont les revenus financèrent la mission et donnèrent son nom à la ville : Salzbourg, la forteresse du sel. Il mourut vers 718. Il est le patron de la ville et du Land de Salzbourg.
Évêque tenant un tonnelet de sel — attribut tardif, mais devenu le sien — avec la crosse et parfois une maquette d’église.